Hä? Natürlich, mit dem Festplatten-Dienstprogramm wird die verbaute Festplatte 1:1 gespiegelt. Kein Image nichts. Theoretisch kann ich die Festplatte so spiegeln und dann die Platten tauschen und alles ist wie vorher...das ist nicht Windows...keine Registry...
Wenn es dir allerdings nur um die Daten an sich geht würde ich eher die Daten auf das Backup ziehen und dieses komplett verschlüsseln. Alles andere macht eigentlich keinen Sinn.
Edit: Achso zwei externe spiegeln. Ja dann mach das auf jeden Fall so. Das ist es ja egal ob die bootbar sind